Index A | B | C | D | E | F | G | H | I | J | L | M | N | O | P | R | S | T | U | V | W | X | Y | Z A actinide() (sire.mol.Element method) add() (sire.cas.Expression method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) add_column() (sire.utils.Table method) add_row() (sire.utils.Table method) alkali_earth_metal() (sire.mol.Element method) alkali_metal() (sire.mol.Element method) Angle (class in sire.mm) angle() (in module sire.units) (sire.maths.Torsion method) (sire.maths.Triangle method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) angle0() (sire.maths.Triangle method) angle1() (sire.maths.Triangle method) angle2() (sire.maths.Triangle method) angles() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) angstrom (in module sire.units) append() (sire.mol.SelectorMol method) apply() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.mol.TrajectoryIterator method) (sire.system.System method) apply_reduce() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) approx_equal() (in module sire.search) approx_greater() (in module sire.search) approx_greater_equal() (in module sire.search) approx_less() (in module sire.search) approx_less_equal() (in module sire.search) approx_not_equal() (in module sire.search) aromatic_bond() (sire.mol.BondOrder method) assert_contains() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) assert_contains_metadata() (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) assert_contains_property() (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) assert_has_metadata() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) assert_has_property() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) assert_imported() (in module sire.utils) assert_same_molecule() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) assign() (sire.base.PropertyMap method) (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) (sire.maths.Matrix method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomIdx method) (sire.mol.AtomName method) (sire.mol.AtomNum method) (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.ChainIdx method) (sire.mol.ChainName method) (sire.mol.Element method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.MolIdx method) (sire.mol.MolName method) (sire.mol.MolNum method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.ResIdx method) (sire.mol.ResName method) (sire.mol.ResNum method) (sire.mol.SegIdx method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SegName method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.mol.Stereochemistry method) (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) at() (sire.maths.Matrix method) (sire.maths.Torsion method) (sire.maths.Triangle method) Atom (class in sire.mol) atom() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) atom0() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) atom1() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) atom2() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) atom3() (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) atom_idxs() (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) atomid() (in module sire) AtomIdx (class in sire.mol) AtomName (class in sire.mol) AtomNum (class in sire.mol) atoms() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.system.System method) B base() (sire.cas.Expression method) beyond() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) biological() (sire.mol.Element method) biological_element() (sire.mol.Element method) biosimspace_to_sire() (in module sire.convert) blue() (sire.mol.Element method) Bond (class in sire.mm) bond() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) bond_order_radius() (sire.mol.Element method) BondOrder (class in sire.mol) bonds() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) C calc_angle() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) calc_dihedral() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) calc_dist() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) calc_dist2() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) calc_dist_vector() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) calc_dist_vectors() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) calc_inv_dist() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) calc_inv_dist2() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) Cartesian (class in sire.vol) cg_atom_idx() (sire.mol.Atom method) Chain (class in sire.mol) chain() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) chainid() (in module sire) ChainIdx (class in sire.mol) ChainName (class in sire.mol) chains() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.system.System method) change_volume() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) charge() (sire.system.System method) checked_offset() (sire.maths.Matrix method) child_total() (sire.utils.Profiler method) children() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) clone() (sire.base.PropertyMap method) (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) (sire.maths.Matrix method) (sire.maths.Torsion method) (sire.maths.Triangle method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomIdx method) (sire.mol.AtomName method) (sire.mol.AtomNum method) (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.ChainIdx method) (sire.mol.ChainName method) (sire.mol.Element method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.MolIdx method) (sire.mol.MolName method) (sire.mol.MolNum method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.ResIdx method) (sire.mol.ResName method) (sire.mol.ResNum method) (sire.mol.SegIdx method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SegName method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.mol.Stereochemistry method) (sire.system.System method) (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) color() (sire.mol.Element method) color_name() (sire.mol.Element method) column0() (sire.maths.Matrix method) column1() (sire.maths.Matrix method) column2() (sire.maths.Matrix method) commit() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) conjugate() (sire.cas.Expression method) Console (class in sire.utils) const_data() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) constraint() (sire.mol.Dynamics method) contains() (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SelectorMol method) convert() (in module sire.units) coordinates() (sire.system.System method) count() (sire.maths.Torsion method) (sire.maths.Triangle method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) covalent_radius() (sire.mol.Element method) covariance() (sire.maths.Matrix static method) create_map() (in module sire.base) create_quaternion() (in module sire.maths) cubed() (sire.cas.Expression method) current() (sire.mol.TrajectoryIterator method) current_energy() (sire.mol.Dynamics method) current_kinetic_energy() (sire.mol.Dynamics method) current_potential_energy() (sire.mol.Dynamics method) current_space() (sire.mol.Dynamics method) current_step() (sire.mol.Dynamics method) current_time() (sire.mol.Dynamics method) Cursor (class in sire.mol) cursor() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.system.System method) Cursors (class in sire.mol) CursorsM (class in sire.mol) cutgroup() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) cutgroups() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) D debug() (sire.utils.Console static method) debugging_enabled() (sire.utils.Console static method) delete() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) delete_all_tokens() (in module sire.search) delete_frame() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) delete_token() (in module sire.search) determinant() (sire.maths.Matrix method) diagonalise() (sire.maths.Matrix method) diff() (sire.cas.Expression method) differentiate() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) Dihedral (class in sire.mm) dihedral() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) dihedrals() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) dimensions() (sire.vol.PeriodicBox method) disable_thumbs_up() (in module sire) divide() (sire.cas.Expression method) double_bond() (sire.mol.BondOrder method) down() (sire.mol.Stereochemistry static method) Dynamics (class in sire.mol) dynamics() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) E edit() (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) elapsed_time() (sire.mol.Dynamics method) Element (class in sire.mol) element_with_mass() (sire.mol.Element method) energies() (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) energy() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) enforce_symmetric() (sire.maths.Matrix method) ensemble() (sire.mol.Dynamics method) error() (sire.utils.Console static method) evaluate() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) expand() (in module sire) (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) Expression (class in sire.cas) extract() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) F factor() (sire.cas.Expression method) find() (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) first() (sire.mol.TrajectoryIterator method) ForceFieldInfo (class in sire.system) from_rdkit() (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Stereochemistry method) from_s_d_f() (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Stereochemistry method) functions() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) G get() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) get_approx_epsilon() (in module sire.search) get_box_center() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) get_coords_array() (in module sire.io) get_copies_within() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) get_images_within() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) get_index() (sire.mol.Cursor method) get_min_protein_residues() (in module sire.search) get_minimum_image() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) get_name() (sire.mol.Cursor method) get_number() (sire.mol.Cursor method) get_principal_axes() (sire.maths.Matrix method) get_protein_residue_names() (in module sire.search) get_random_point() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) get_thumbs_up_info() (in module sire) get_token() (in module sire.search) get_unique_number() (sire.mol.MolNum method) green() (sire.mol.Element method) group() (sire.mol.Element method) H halogen() (sire.mol.Element method) has_metadata() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) has_property() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) has_token() (in module sire.search) hash() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) (sire.mol.AtomIdx method) (sire.mol.AtomName method) (sire.mol.AtomNum method) (sire.mol.ChainIdx method) (sire.mol.ChainName method) (sire.mol.MolIdx method) (sire.mol.MolName method) (sire.mol.MolNum method) (sire.mol.ResIdx method) (sire.mol.ResName method) (sire.mol.ResNum method) (sire.mol.SegIdx method) (sire.mol.SegName method) have_imported() (in module sire.utils) hex_color() (sire.mol.Element method) I id() (sire.cas.Symbol method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mol.Cursor method) identity() (sire.maths.Matrix static method) ids() (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) Improper (class in sire.mm) improper() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) improper_angle() (sire.maths.Torsion method) impropers() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) index (sire.mol.Cursor property) index() (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) indexes() (sire.mol.SelectorMol method) info() (sire.mol.Dynamics method) (sire.mol.Molecule method) (sire.utils.Console static method) integ() (sire.cas.Expression method) integrate() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) intersection() (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) intersects() (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) inverse() (sire.maths.Matrix method) invert() (sire.cas.Expression method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) is_angle() (sire.mol.Cursor method) is_atom() (sire.mol.Cursor method) is_bond() (sire.mol.Cursor method) is_cartesian() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) is_chain() (sire.mol.Cursor method) is_complex() (sire.cas.Expression method) is_compound() (sire.cas.Expression method) is_constant() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) is_default() (sire.base.PropertyMap method) is_defined() (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Stereochemistry method) is_dihedral() (sire.mol.Cursor method) is_double() (sire.mol.BondOrder method) is_down() (sire.mol.Stereochemistry method) is_empty() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SelectorMol method) is_function() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) is_identity() (sire.maths.Matrix method) is_improper() (sire.mol.Cursor method) is_internal() (sire.mol.Cursor method) is_molecule() (sire.mol.Cursor method) is_not_stereo() (sire.mol.Stereochemistry method) is_null() (sire.cas.Symbol method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomIdx method) (sire.mol.AtomName method) (sire.mol.AtomNum method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.ChainIdx method) (sire.mol.ChainName method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.MolIdx method) (sire.mol.MolName method) (sire.mol.MolNum method) (sire.mol.ResIdx method) (sire.mol.ResName method) (sire.mol.ResNum method) (sire.mol.SegIdx method) (sire.mol.SegName method) (sire.utils.Profiler method) is_periodic() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) is_residue() (sire.mol.Cursor method) is_same_editor() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) is_same_molecule() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) is_segment() (sire.mol.Cursor method) is_selector() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) is_single() (sire.mol.BondOrder method) is_symmetric() (sire.maths.Matrix method) is_system() (sire.system.System static method) is_triple() (sire.mol.BondOrder method) is_up() (sire.mol.Stereochemistry method) is_within_chain() (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Residue method) is_within_residue() (sire.mol.Atom method) is_within_segment() (sire.mol.Atom method) is_zero() (sire.cas.Expression method) isromatic() (sire.mol.BondOrder method) J join() (sire.mol.Molecule static method) L lam (in module sire.cas) lanthanide() (sire.mol.Element method) length() (in module sire.units) (sire.mm.Bond method) lengths() (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorMBond method) line0() (sire.maths.Triangle method) line03() (sire.maths.Torsion method) line1() (sire.maths.Triangle method) line12() (sire.maths.Torsion method) line2() (sire.maths.Triangle method) load() (in module sire) load_frame() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) load_test_files() (in module sire) M map() (sire.mol.AtomIdx method) (sire.mol.AtomName method) (sire.mol.AtomNum method) (sire.mol.ChainIdx method) (sire.mol.ChainName method) (sire.mol.MolIdx method) (sire.mol.MolName method) (sire.mol.MolNum method) (sire.mol.ResIdx method) (sire.mol.ResName method) (sire.mol.ResNum method) (sire.mol.SegIdx method) (sire.mol.SegName method) mass() (sire.mol.Element method) (sire.system.System method) Matrix (class in sire.maths) max_bonds() (sire.mol.Element method) max_coords() (sire.vol.PeriodicBox method) maximum_cutoff() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) measure() (in module sire) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) measures() (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) merge() (sire.base.PropertyMap method) metadata() (sire.mol.Molecule method) metadata_keys() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) metadata_type() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) min_coords() (sire.vol.PeriodicBox method) Minimisation (class in sire.mol) minimisation() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) minimum_distance() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) module sire sire.base sire.cas sire.convert sire.io sire.maths sire.mm sire.mol sire.search sire.stream sire.system sire.units sire.utils sire.vol mol_nums() (sire.mol.SelectorMol method) Molecule (class in sire.mol) molecule() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) molecules() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) molid() (in module sire) MolIdx (class in sire.mol) MolName (class in sire.mol) MolNum (class in sire.mol) move() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) multiply() (sire.cas.Expression method) N name (sire.mol.Cursor property) name() (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Element method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.utils.Profiler method) names() (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) negate() (sire.cas.Expression method) noble_gas() (sire.mol.Element method) not_stereo() (sire.mol.Stereochemistry method) null() (sire.mol.AtomIdx static method) (sire.mol.ChainIdx static method) (sire.mol.MolIdx static method) (sire.mol.ResIdx static method) (sire.mol.SegIdx static method) NullProfiler (class in sire.utils) num_atoms() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) num_chains() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) num_cutgroups() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) num_frames() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) num_molecules() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) num_protons() (sire.mol.Element method) num_residues() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) num_segments() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) num_views() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) number (sire.mol.Cursor property) number() (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) numbers() (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) O offset() (sire.maths.Matrix method) openmm_to_sire() (in module sire.convert) P panel() (sire.utils.Console static method) parent() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) period() (sire.mol.Element method) PeriodicBox (class in sire.vol) phi() (sire.mm.Improper method) pi (in module sire.maths) picometer (in module sire.units) point() (sire.maths.Torsion method) (sire.maths.Triangle method) potential() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) potentials() (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) pow() (sire.cas.Expression method) print() (sire.utils.Console static method) print_exception() (sire.utils.Console static method) Profiler (class in sire.utils) properties() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Molecule method) (sire.system.System method) property() (sire.mol.Molecule method) (sire.system.System method) property_as_property() (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) property_as_variant() (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) property_keys() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.system.System method) property_type() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) PropertyMap (class in sire.base) R rare_earth() (sire.mol.Element method) rdkit_to_sire() (in module sire.convert) red() (sire.mol.Element method) redirect_output() (sire.utils.Console static method) res_idxs() (sire.mol.Chain method) Residue (class in sire.mol) residue() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) residues() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.system.System method) ResIdx (class in sire.mol) ResName (class in sire.mol) ResNum (class in sire.mol) root() (sire.cas.Expression method) rotate() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) row0() (sire.maths.Matrix method) row1() (sire.maths.Matrix method) row2() (sire.maths.Matrix method) rule() (sire.utils.Console static method) run() (sire.mol.Dynamics method) (sire.mol.Minimisation method) S save() (in module sire) (sire.utils.Console static method) save_frame() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) save_to_string() (in module sire) search() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) segid() (in module sire) SegIdx (class in sire.mol) Segment (class in sire.mol) segment() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) segments() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.system.System method) SegName (class in sire.mol) select_all() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) select_all_atoms() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) select_all_chains() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) select_all_cutgroups() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) select_all_residues() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) select_all_segments() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) selected_all() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) selection() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) selector() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) SelectorAngle (class in sire.mm) SelectorBond (class in sire.mm) SelectorDihedral (class in sire.mm) SelectorImproper (class in sire.mm) SelectorMAngle (class in sire.mm) SelectorMBond (class in sire.mm) SelectorMDihedral (class in sire.mm) SelectorMImproper (class in sire.mm) SelectorMol (class in sire.mol) series() (sire.cas.Expression method) set() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) set_approx_epsilon() (in module sire.search) set_debugging_enabled() (sire.utils.Console static method) set_dimensions() (sire.vol.PeriodicBox method) set_energy_unit() (in module sire.units) set_internal_units() (in module sire.units) set_length_unit() (in module sire.units) set_mass_unit() (in module sire.units) set_min_protein_residues() (in module sire.search) set_name() (sire.mol.Cursor method) set_number() (sire.mol.Cursor method) set_property() (sire.system.System method) set_protein_residue_names() (in module sire.search) set_quantity_unit() (in module sire.units) set_si_units() (in module sire.units) set_theme() (sire.utils.Console static method) set_time_unit() (in module sire.units) set_to_identity() (sire.maths.Matrix method) set_token() (in module sire.search) set_volume() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) simplify() (sire.cas.Expression method) single_bond() (sire.mol.BondOrder method) single_value_decomposition() (sire.maths.Matrix method) sire module sire.base module sire.cas module sire.convert module sire.io module sire.maths module sire.mm module sire.mol module sire.search module sire.stream module sire.system module sire.units module sire.utils module sire.vol module sire_to_biosimspace() (in module sire.convert) sire_to_openmm() (in module sire.convert) sire_to_rdkit() (in module sire.convert) size() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) sizes() (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) smiles() (in module sire) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) specified() (sire.base.PropertyMap method) Sphere (class in sire.maths) squared() (sire.cas.Expression method) start() (sire.utils.Profiler method) step_speed() (sire.mol.Dynamics method) Stereochemistry (class in sire.mol) stop() (sire.utils.Profiler method) substitute() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) subtract() (sire.cas.Expression method) supported_formats() (in module sire) (in module sire.convert) supports_emojis() (sire.utils.Console static method) svd() (sire.maths.Matrix method) Symbol (class in sire.cas) symbol() (sire.mol.Element method) symbols() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) System (class in sire.system) T Table (class in sire.utils) theta() (sire.mm.Improper method) thumbs_up() (in module sire) time_speed() (sire.mol.Dynamics method) timestep() (sire.mol.Dynamics method) to() (in module sire.convert) to_biosimspace() (in module sire.convert) to_dict() (sire.base.PropertyMap method) to_list() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) to_molecule_group() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) to_molecules() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) to_open_m_m_string() (sire.cas.Expression method) to_openmm() (in module sire.convert) to_rdkit() (in module sire.convert) (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Stereochemistry method) to_s_d_f() (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Stereochemistry method) to_select_result() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) to_selector() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) to_sire() (in module sire.convert) to_string() (sire.base.PropertyMap method) (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) (sire.maths.Matrix method) (sire.maths.Torsion method) (sire.maths.Triangle method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomIdx method) (sire.mol.AtomName method) (sire.mol.AtomNum method) (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.ChainIdx method) (sire.mol.ChainName method) (sire.mol.Element method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.MolIdx method) (sire.mol.MolName method) (sire.mol.MolNum method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.ResIdx method) (sire.mol.ResName method) (sire.mol.ResNum method) (sire.mol.SegIdx method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SegName method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.mol.Stereochemistry method) (sire.utils.Table method) (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) Torsion (class in sire.maths) total() (sire.utils.Profiler method) trace() (sire.maths.Matrix method) trajectory() (sire.system.System method) TrajectoryIterator (class in sire.mol) transition_metal() (sire.mol.Element method) translate() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) transpose() (sire.maths.Matrix method) Triangle (class in sire.maths) triangle1() (sire.maths.Torsion method) triangle2() (sire.maths.Torsion method) triple_bond() (sire.mol.BondOrder method) try_import() (in module sire.utils) try_import_from() (in module sire.utils) tutorial_url (in module sire) type() (sire.mol.Cursor method) typename() (sire.base.PropertyMap method) (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) (sire.maths.Matrix method) (sire.maths.Torsion method) (sire.maths.Triangle method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomIdx method) (sire.mol.AtomName method) (sire.mol.AtomNum method) (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.ChainIdx method) (sire.mol.ChainName method) (sire.mol.Element method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.MolIdx method) (sire.mol.MolName method) (sire.mol.MolNum method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.ResIdx method) (sire.mol.ResName method) (sire.mol.ResNum method) (sire.mol.SegIdx method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SegName method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.mol.Stereochemistry method) (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) U undefined() (sire.mol.Stereochemistry static method) undefined_bond() (sire.mol.BondOrder method) up() (sire.mol.Stereochemistry static method) update() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) use_mixed_api() (in module sire) use_new_api() (in module sire) use_old_api() (in module sire) V value() (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Stereochemistry method) value_as_double() (sire.mol.BondOrder method) vdw_radius() (sire.mol.Element method) Vector (class in sire.maths) vector() (sire.maths.Triangle method) vector0() (sire.maths.Triangle method) vector03() (sire.maths.Torsion method) vector1() (sire.maths.Triangle method) vector12() (sire.maths.Torsion method) vector2() (sire.maths.Triangle method) version() (sire.mol.Molecule method) view() (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) view2d() (sire.system.System method) volume() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) W walltime() (sire.mol.Dynamics method) warning() (sire.utils.Console static method) what() (sire.base.PropertyMap method) (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) (sire.maths.Matrix method) (sire.maths.Torsion method) (sire.maths.Triangle method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.AtomIdx method) (sire.mol.AtomName method) (sire.mol.AtomNum method) (sire.mol.ChainIdx method) (sire.mol.ChainName method) (sire.mol.Element method) (sire.mol.MolIdx method) (sire.mol.MolName method) (sire.mol.MolNum method) (sire.mol.ResIdx method) (sire.mol.ResName method) (sire.mol.ResNum method) (sire.mol.SegIdx method) (sire.mol.SegName method) (sire.mol.SelectorMol method) wrap() (in module sire.base) X x (in module sire.cas) xx() (sire.maths.Matrix method) xy() (sire.maths.Matrix method) xz() (sire.maths.Matrix method) Y y (in module sire.cas) yx() (sire.maths.Matrix method) yy() (sire.maths.Matrix method) yz() (sire.maths.Matrix method) Z zero() (sire.maths.Matrix static method) zx() (sire.maths.Matrix method) zy() (sire.maths.Matrix method) zz() (sire.maths.Matrix method)