Index

A

a() (sire.mm.LJ1264Parameter method) (sire.mm.LJParameter method) aabox() (sire.vol.CoordGroup method) actinide() (sire.mol.Element method) add() (sire.cas.Expression method) (sire.mm.AngleRestraints method) (sire.mm.BondRestraints method) (sire.mm.DihedralRestraints method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.system.System method) add_annihilate_stage() (sire.cas.LambdaSchedule method) add_charge_scale_stages() (sire.cas.LambdaSchedule method) add_column() (sire.utils.Table method) add_decouple_stage() (sire.cas.LambdaSchedule method) add_force() (sire.cas.LambdaSchedule method) add_forces() (sire.cas.LambdaSchedule method) add_lever() (sire.cas.LambdaSchedule method) (sire.convert.openmm.LambdaLever method) add_levers() (sire.cas.LambdaSchedule method) add_link() (sire.base.Properties method) add_morph_stage() (sire.cas.LambdaSchedule method) add_perturbable_molecule() (sire.convert.openmm.LambdaLever method) add_prefix() (sire.base.PropertyMap method) add_restraint_index() (sire.convert.openmm.LambdaLever method) add_row() (sire.utils.Table method) add_shared_property() (sire.system.System method) add_stage() (sire.cas.LambdaSchedule method) add_suffix() (sire.base.PropertyMap method) align() (in module sire.maths) (sire.mol.AtomMapping method) (sire.mol.TrajectoryIterator method) align_to0() (sire.mol.AtomMapping method) align_to1() (sire.mol.AtomMapping method) alkali_earth_metal() (sire.mol.Element method) alkali_metal() (sire.mol.Element method) all_metadata() (sire.base.Properties method) alpha() (sire.vol.TriclinicBox method) alternate_name() (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Residue method) AmberAngle (class in sire.mm) AmberBond (class in sire.mm) AmberDihedral (class in sire.mm) AmberDihPart (class in sire.mm) Angle (class in sire.mm) angle() (in module sire.restraints) (in module sire.units) (sire.maths.Torsion method) (sire.maths.Triangle method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) angle0() (sire.maths.Triangle method) angle1() (sire.maths.Triangle method) angle2() (sire.maths.Triangle method) AngleRestraint (class in sire.mm) AngleRestraints (class in sire.mm) angles() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) angstrom (in module sire.units) annihilate() (in module sire.morph) append() (sire.mol.SelectorMol method) append_stage() (sire.cas.LambdaSchedule method) apply() (sire.maths.Transform method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.mol.TrajectoryIterator method) (sire.system.System method) apply_reduce() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) approx_equal() (in module sire.search) approx_greater() (in module sire.search) approx_greater_equal() (in module sire.search) approx_less() (in module sire.search) approx_less_equal() (in module sire.search) approx_not_equal() (in module sire.search) aromatic_bond() (sire.mol.BondOrder method) as_array() (sire.base.Properties method) as_boolean() (sire.base.Properties method) as_double() (sire.base.Properties method) as_integer() (sire.base.Properties method) as_string() (sire.base.Properties method) as_unit() (sire.base.Properties method) assert_contains() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) assert_contains_metadata() (sire.base.Properties method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) assert_contains_property() (sire.base.Properties method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) assert_has_metadata() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) assert_has_property() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) assert_imported() (in module sire.utils) assert_is_lj_parameter() (sire.mm.LJ1264Parameter method) assert_same_molecule() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method)

assert_same_size() (sire.vol.CoordGroup method) assert_single_molecule() (sire.mol.AtomMapping method) assert_valid() (sire.base.PageCache method) assert_valid_index() (sire.vol.CoordGroup method) assertValid() (sire.base.PageCache.Handle method) (sire.base.PageCache.Page method) assign() (sire.base.PageCache method) (sire.base.PageCache.Handle method) (sire.base.PageCache.Page method) (sire.base.Properties method) (sire.base.PropertyMap method) (sire.cas.Expression method) (sire.cas.LambdaSchedule method) (sire.cas.Symbol method) (sire.convert.openmm.LambdaLever method) (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.PDBx method) (sire.io.parser.SDF method) (sire.io.parser.TRR method) (sire.io.parser.XTC method) (sire.maths.EnergyTrajectory method) (sire.maths.Matrix method) (sire.maths.RanGenerator method) (sire.maths.Transform method) (sire.mm.AmberAngle method) (sire.mm.AmberBond method) (sire.mm.AmberDihedral method) (sire.mm.AmberDihPart method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.AngleRestraint method) (sire.mm.AngleRestraints method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.BondRestraint method) (sire.mm.BondRestraints method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.DihedralRestraint method) (sire.mm.DihedralRestraints method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.LJ1264Parameter method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomIdx method) (sire.mol.AtomMapping method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.AtomName method) (sire.mol.AtomNum method) (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.ChainIdx method) (sire.mol.ChainName method) (sire.mol.Element method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.MolIdx method) (sire.mol.MolName method) (sire.mol.MolNum method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.ResIdx method) (sire.mol.ResName method) (sire.mol.ResNum method) (sire.mol.SegIdx method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SegName method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.mol.Stereochemistry method) (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.CoordGroup method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) at() (sire.maths.Matrix method) (sire.maths.Torsion method) (sire.maths.Triangle method) (sire.mm.AngleRestraints method) (sire.mm.BondRestraints method) (sire.mm.DihedralRestraints method) Atom (class in sire.mol) atom() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.system.System method) atom0() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.BondRestraint method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) atom1() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.BondRestraint method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) atom2() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) atom3() (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) atom_idxs() (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) atom_restraints() (sire.mm.BondRestraints method) atomid() (in module sire) AtomIdx (class in sire.mol) AtomMapping (class in sire.mol) AtomMatch (class in sire.mol) AtomMatchM (class in sire.mol) AtomName (class in sire.mol) AtomNum (class in sire.mol) atoms() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.AngleRestraint method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.DihedralRestraint method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.system.System method) atoms0() (sire.mm.BondRestraint method) (sire.mol.AtomMapping method) atoms1() (sire.mm.BondRestraint method) (sire.mol.AtomMapping method)

B

b() (sire.mm.LJ1264Parameter method) (sire.mm.LJParameter method) b_unit() (sire.mm.LJ1264Parameter method) base() (sire.cas.Expression method) beta() (sire.vol.TriclinicBox method) beyond() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) biological() (sire.mol.Element method) biological_element() (sire.mol.Element method) biosimspace_to_sire() (in module sire.convert) blue() (sire.mol.Element method) Bond (class in sire.mm) bond() (in module sire.restraints) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method)

bond_order_radius() (sire.mol.Element method) BondOrder (class in sire.mol) BondRestraint (class in sire.mm) BondRestraints (class in sire.mm) bonds() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) boresch() (in module sire.restraints) box_matrix() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) box_vectors() (sire.convert.openmm.OpenMMMetaData method)

C

c() (sire.mm.LJ1264Parameter method) c_unit() (sire.mm.LJ1264Parameter method) cache_dir() (sire.base.PageCache method) calc_angle() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) calc_dihedral() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) calc_dist() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) calc_dist2() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) calc_dist_vector() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) calc_dist_vectors() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) calc_inv_dist() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) calc_inv_dist2() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) Cartesian (class in sire.vol) cell_matrix() (sire.vol.TriclinicBox method) centroid_restraints() (sire.mm.BondRestraints method) cg_atom_idx() (sire.mol.Atom method) Chain (class in sire.mol) chain() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) chainid() (in module sire) ChainIdx (class in sire.mol) ChainName (class in sire.mol) chains() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.system.System method) change_volume() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) changed_angles() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) changed_atoms() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) changed_bonds() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) changed_constraints() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) changed_exceptions() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) changed_torsions() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) charge() (sire.system.System method) charge_scaled_annihilate() (sire.cas.LambdaSchedule static method) charge_scaled_decouple() (sire.cas.LambdaSchedule static method) charge_scaled_morph() (sire.cas.LambdaSchedule static method) checked_offset() (sire.maths.Matrix method) child_total() (sire.utils.Profiler method) children() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) clamp() (sire.cas.LambdaSchedule method) clear() (sire.base.PageCache.Handle method) (sire.base.Properties method) (sire.cas.LambdaSchedule method) clear_default_units() (in module sire.units) clear_energy_trajectory() (sire.system.System method) clear_properties() (sire.maths.EnergyTrajectory method) clone() (sire.base.PageCache method) (sire.base.PageCache.Handle method) (sire.base.PageCache.Page method) (sire.base.Properties method) (sire.base.PropertyMap method) (sire.cas.Expression method) (sire.cas.LambdaSchedule method) (sire.cas.Symbol method) (sire.convert.openmm.LambdaLever method) (sire.convert.openmm.OpenMMMetaData method) (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.PDBx method) (sire.io.parser.SDF method) (sire.io.parser.TRR method) (sire.io.parser.XTC method) (sire.maths.EnergyTrajectory method) (sire.maths.Matrix method) (sire.maths.RanGenerator method) (sire.maths.Torsion method) (sire.maths.Transform method) (sire.maths.Triangle method) (sire.mm.AmberAngle method) (sire.mm.AmberBond method) (sire.mm.AmberDihedral method) (sire.mm.AmberDihPart method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.AngleRestraint method) (sire.mm.AngleRestraints method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.BondRestraint method) (sire.mm.BondRestraints method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.DihedralRestraint method) (sire.mm.DihedralRestraints method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.LJ1264Parameter method) (sire.mm.LJParameter method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomIdx method) (sire.mol.AtomMapping method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.AtomName method) (sire.mol.AtomNum method) (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.ChainIdx method) (sire.mol.ChainName method) (sire.mol.Element method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.MolIdx method) (sire.mol.MolName method) (sire.mol.MolNum method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.ResIdx method) (sire.mol.ResName method) (sire.mol.ResNum method) (sire.mol.SegIdx method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SegName method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.mol.Stereochemistry method) (sire.system.System method) (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.CoordGroup method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method)

color() (sire.mol.Element method) color_name() (sire.mol.Element method) column0() (sire.maths.Matrix method) column1() (sire.maths.Matrix method) column2() (sire.maths.Matrix method) combine() (sire.mm.LJParameter method) combine_arithmetic() (sire.mm.LJParameter method) combine_geometric() (sire.mm.LJParameter method) combining_rules (sire.mm.LJParameter attribute) commit() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Dynamics method) (sire.mol.Minimisation method) (sire.morph.Perturbation method) conjugate() (sire.cas.Expression method) Console (class in sire.utils) const_data() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) constraint() (sire.mol.Dynamics method) (sire.mol.Minimisation method) construct() (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.PDBx method) (sire.io.parser.SDF method) (sire.io.parser.TRR method) (sire.io.parser.XTC method) contains() (sire.mol.AtomMapping method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SelectorMol method) context() (sire.mol.Dynamics method) convert() (in module sire.units) CoordGroup (class in sire.vol) coordinates() (sire.convert.openmm.OpenMMMetaData method) (sire.system.System method) count() (sire.base.Properties method) (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.TRR method) (sire.io.parser.XTC method) (sire.maths.EnergyTrajectory method) (sire.maths.Torsion method) (sire.maths.Triangle method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.AngleRestraints method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.BondRestraints method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.DihedralRestraints method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMapping method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) covalent_radius() (sire.mol.Element method) covariance() (sire.maths.Matrix static method) create_from_pertfile() (in module sire.morph) create_map() (in module sire.base) create_quaternion() (in module sire.maths) cubed() (sire.cas.Expression method) cubic() (sire.vol.TriclinicBox static method) current() (sire.mol.TrajectoryIterator method) current_energy() (sire.mol.Dynamics method) current_kinetic_energy() (sire.mol.Dynamics method) current_potential_energy() (sire.mol.Dynamics method) current_space() (sire.mol.Dynamics method) current_step() (sire.mol.Dynamics method) current_time() (sire.mol.Dynamics method) Cursor (class in sire.mol) cursor() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.system.System method) Cursors (class in sire.mol) CursorsM (class in sire.mol) cutgroup() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) cutgroups() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method)

D

DCD (class in sire.io.parser) debug() (sire.utils.Console static method) debugging_enabled() (sire.utils.Console static method) decouple() (in module sire.morph) delete() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) delete_all_frames() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) delete_all_tokens() (in module sire.search) delete_frame() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method)

delete_token() (in module sire.search) detach() (sire.maths.RanGenerator method) determinant() (sire.maths.Matrix method) diagonal() (sire.maths.Matrix method) diagonalise() (sire.maths.Matrix method) diff() (sire.cas.Expression method) differentiate() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) Dihedral (class in sire.mm) dihedral() (in module sire.restraints) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) DihedralRestraint (class in sire.mm) DihedralRestraints (class in sire.mm) dihedrals() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) dimensions() (sire.vol.PeriodicBox method) disable_parallel() (sire.io.parser.DCD method) distance() (in module sire.restraints) divide() (sire.cas.Expression method) double_bond() (sire.mol.BondOrder method) down() (sire.mol.Stereochemistry static method) dummy() (sire.mm.LJ1264Parameter static method) (sire.mm.LJParameter static method) Dynamics (class in sire.mol) dynamics() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method)

E

edit() (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.vol.CoordGroup method) elapsed_time() (sire.mol.Dynamics method) Element (class in sire.mol) element_with_mass() (sire.mol.Element method) enable_parallel() (sire.io.parser.DCD method) energies() (sire.maths.EnergyTrajectory method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) energy() (sire.mm.AmberAngle method) (sire.mm.AmberBond method) (sire.mm.AmberDihedral method) (sire.mm.AmberDihPart method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) energy_trajectory() (sire.mol.Dynamics method) (sire.system.System method)

EnergyTrajectory (class in sire.maths) enforce_symmetric() (sire.maths.Matrix method) ensemble() (sire.mol.Dynamics method) (sire.system.System method) epsilon() (sire.mm.LJParameter method) error() (sire.utils.Console static method) error_report() (sire.io.parser.DCD method) evaluate() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) evaluate_xml_force() (in module sire.morph) expand() (in module sire) (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) Expression (class in sire.cas) extract() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.SelectorMol method) extract_perturbed() (in module sire.morph) (sire.morph.Perturbation method) extract_reference() (in module sire.morph) (sire.morph.Perturbation method)

F

factor() (sire.cas.Expression method) fetch() (sire.base.PageCache.Handle method) final() (sire.cas.LambdaSchedule static method) find() (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) first() (sire.mol.TrajectoryIterator method) ForceFieldInfo (class in sire.system) format_description() (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.PDBx method) (sire.io.parser.SDF method) (sire.io.parser.TRR method) (sire.io.parser.XTC method) format_name() (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.PDBx method) (sire.io.parser.SDF method) (sire.io.parser.TRR method) (sire.io.parser.XTC method)

format_suffix() (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.PDBx method) (sire.io.parser.SDF method) (sire.io.parser.TRR method) (sire.io.parser.XTC method) frame_indexes() (sire.mol.TrajectoryIterator method) from_and_b() (sire.mm.LJParameter method) from_r_min_and_epsilon() (sire.mm.LJParameter method) from_rdkit() (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Stereochemistry method) from_s_d_f() (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Stereochemistry method) from_sigma_and_epsilon() (sire.mm.LJParameter method) functions() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method)

G

G87 (in module sire.io.parser) gamma() (sire.vol.TriclinicBox method) gemmi_to_sire() (in module sire.convert) get() (sire.maths.EnergyTrajectory method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) get_alignment() (in module sire.maths) (in module sire.mol) get_alphas0() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_alphas1() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_angle_ks0() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_angle_ks1() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_angle_sizes0() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_angle_sizes1() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_approx_epsilon() (in module sire.search) get_atom_index() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) get_biological_elements() (sire.mol.Element method) get_bond_ks0() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_bond_ks1() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_bond_lengths0() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_bond_lengths1() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_box_center() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) get_charge_scales0() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_charge_scales1() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_charges0() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_charges1() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_constant() (sire.cas.LambdaSchedule method) get_constant_symbol() (sire.cas.LambdaSchedule method) get_constraint() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) get_constraint_indicies() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_constraints() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) (sire.mol.Dynamics method) (sire.mol.Minimisation method) get_coords_array() (in module sire.io) get_copies_within() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) get_data_header() (in module sire.stream) get_energy() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) get_epsilons0() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_epsilons1() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_equation() (sire.cas.LambdaSchedule method) get_exception_atoms() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_exception_indicies() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_force_index() (sire.convert.openmm.LambdaLever method) get_force_type() (sire.convert.openmm.LambdaLever method) get_forces() (sire.cas.LambdaSchedule method) get_frame() (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.PDBx method) (sire.io.parser.SDF method) (sire.io.parser.TRR method) (sire.io.parser.XTC method) get_from_ghost_idxs() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_header_property() (in module sire.stream) get_images_within() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) get_index() (sire.mol.Cursor method) get_integrator() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) get_kappas0() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_kappas1() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_labels() (sire.maths.EnergyTrajectory method) get_labels_as_numbers() (sire.maths.EnergyTrajectory method) get_lambda() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) (sire.mol.Dynamics method) get_lambda_in_stage() (sire.cas.LambdaSchedule method) get_lambda_lever() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) get_lambda_schedule() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) get_lever_stages() (sire.cas.LambdaSchedule method) get_lever_values() (sire.cas.LambdaSchedule method) (sire.convert.openmm.LambdaLever method) (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_levers() (sire.cas.LambdaSchedule method) get_link() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method)

get_links() (sire.base.Properties method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) get_lj_scales0() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_lj_scales1() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_log() (sire.mol.Minimisation method) get_max_num_threads() (in module sire) get_min_protein_residues() (in module sire.search) get_minimum_image() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) get_molecule_schedule() (sire.cas.LambdaSchedule method) get_name() (sire.mol.Cursor method) get_number() (sire.mol.Cursor method) get_perturbable_constraint() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) get_perturbable_constraints() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_perturbable_constraints_with_atoms() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_perturbable_molecule_maps() (sire.convert.openmm.LambdaLever method) get_platform() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) get_platform_properties() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) get_platform_property() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) get_potential_energy() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) get_principal_axes() (sire.maths.Matrix method) get_protein_residue_names() (in module sire.search) get_random_point() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) get_rest2_scale() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) (sire.mol.Dynamics method) get_restraints() (sire.convert.openmm.LambdaLever method) get_schedule() (sire.convert.openmm.LambdaLever method) (sire.mol.Dynamics method) get_sigmas0() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_sigmas1() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_stage() (sire.cas.LambdaSchedule method) get_stages() (sire.cas.LambdaSchedule method) get_standard_state_correction() (in module sire.restraints) get_state() (sire.maths.RanGenerator method) get_statistics() (sire.base.PageCache method) get_string() (sire.base.PropertyMap method) get_to_ghost_idxs() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_token() (in module sire.search) get_torsion_ks0() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_torsion_ks1() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_torsion_periodicities0() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_torsion_periodicities1() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_torsion_phases0() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_torsion_phases1() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) get_unique_number() (sire.mol.MolNum method) global() (sire.maths.RanGenerator static method) green() (sire.mol.Element method) group() (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Element method) groups() (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) GTOP (in module sire.io.parser)

H

halogen() (sire.mol.Element method) has_atom_restraints() (sire.mm.BondRestraints method) has_box_vectors() (sire.convert.openmm.OpenMMMetaData method) has_c() (sire.mm.LJ1264Parameter method) has_centroid_restraints() (sire.mm.BondRestraints method) has_coordinates() (sire.convert.openmm.OpenMMMetaData method) has_force_specific_equation() (sire.cas.LambdaSchedule method) has_lever() (sire.convert.openmm.LambdaLever method) has_links() (sire.base.Properties method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) has_metadata() (sire.base.Properties method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.system.System method) has_molecule_schedule() (sire.cas.LambdaSchedule method) has_property() (sire.base.Properties method) (sire.maths.EnergyTrajectory method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.system.System method)

has_token() (in module sire.search) has_velocities() (sire.convert.openmm.OpenMMMetaData method) has_warnings() (sire.io.parser.DCD method) hash() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) (sire.mm.AmberAngle method) (sire.mm.AmberBond method) (sire.mm.AmberDihedral method) (sire.mm.AmberDihPart method) (sire.mol.AtomIdx method) (sire.mol.AtomName method) (sire.mol.AtomNum method) (sire.mol.ChainIdx method) (sire.mol.ChainName method) (sire.mol.MolIdx method) (sire.mol.MolName method) (sire.mol.MolNum method) (sire.mol.ResIdx method) (sire.mol.ResName method) (sire.mol.ResNum method) (sire.mol.SegIdx method) (sire.mol.SegName method) have_imported() (in module sire.utils) hex_color() (sire.mol.Element method)

I

id() (sire.cas.Symbol method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mol.Cursor method) identity() (sire.maths.Matrix static method) ids() (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.SelectorMol method) Improper (class in sire.mm) improper() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) improper_angle() (sire.maths.Torsion method) impropers() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) index (sire.mol.Cursor property) index() (sire.convert.openmm.OpenMMMetaData method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) indexes() (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.SelectorMol method) info() (sire.mol.Dynamics method) (sire.mol.Molecule method) (sire.utils.Console static method) initial() (sire.cas.LambdaSchedule static method) insert_stage() (sire.cas.LambdaSchedule method) integ() (sire.cas.Expression method) integrate() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) integrator() (sire.mol.Dynamics method) intersection() (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.AtomMatchM method) intersects() (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) inverse() (sire.maths.Matrix method) (sire.maths.Transform method) invert() (sire.cas.Expression method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) is_angle() (sire.mol.Cursor method) is_array() (sire.base.Properties method) is_atom() (sire.mol.Cursor method) is_atom_restraint() (sire.mm.BondRestraint method) is_binary_file() (sire.io.parser.DCD method) is_bond() (sire.mol.Cursor method) is_boolean() (sire.base.Properties method) is_broken() (sire.io.parser.DCD method) is_cartesian() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) is_centroid_restraint() (sire.mm.BondRestraint method) is_chain() (sire.mol.Cursor method) is_complex() (sire.cas.Expression method) is_compound() (sire.cas.Expression method) is_constant() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) is_default() (sire.base.PropertyMap method) is_defined() (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Stereochemistry method) is_diagonal() (sire.maths.Matrix method) is_dihedral() (sire.mol.Cursor method) is_double() (sire.base.Properties method) (sire.mol.BondOrder method) is_down() (sire.mol.Stereochemistry method) is_dummy() (sire.mm.LJ1264Parameter method) (sire.mm.LJParameter method) is_empty() (sire.base.Properties method) (sire.io.parser.DCD method) (sire.maths.EnergyTrajectory method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.AngleRestraints method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.BondRestraints method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.DihedralRestraints method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMapping method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.vol.CoordGroup method) is_frame() (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.PDBx method) (sire.io.parser.SDF method) (sire.io.parser.TRR method) (sire.io.parser.XTC method)

is_function() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) is_ghost_atom() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) is_identity() (sire.maths.Matrix method) is_improper() (sire.mol.Cursor method) is_integer() (sire.base.Properties method) is_internal() (sire.mol.Cursor method) is_link() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) is_lj_parameter() (sire.mm.LJ1264Parameter method) is_mapped() (sire.mol.AtomMapping method) is_molecule() (sire.mol.Cursor method) is_not_stereo() (sire.mol.Stereochemistry method) is_null() (sire.base.PageCache method) (sire.cas.LambdaSchedule method) (sire.cas.Symbol method) (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) (sire.maths.EnergyTrajectory method) (sire.maths.Transform method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.AngleRestraint method) (sire.mm.AngleRestraints method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.BondRestraint method) (sire.mm.BondRestraints method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.DihedralRestraint method) (sire.mm.DihedralRestraints method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomIdx method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomName method) (sire.mol.AtomNum method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.ChainIdx method) (sire.mol.ChainName method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.MolIdx method) (sire.mol.MolName method) (sire.mol.MolNum method) (sire.mol.ResIdx method) (sire.mol.ResName method) (sire.mol.ResNum method) (sire.mol.SegIdx method) (sire.mol.SegName method) (sire.utils.Profiler method) is_periodic() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) is_perturbable() (sire.mol.Molecule method) is_reduced() (sire.vol.TriclinicBox method) is_residue() (sire.mol.Cursor method) is_restraints() (sire.mm.AngleRestraints method) (sire.mm.BondRestraints method) (sire.mm.DihedralRestraints method) is_rotated() (sire.vol.TriclinicBox method) is_same_editor() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) is_same_molecule() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) is_segment() (sire.mol.Cursor method) is_selector() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) is_single() (sire.mol.BondOrder method) is_single_molecule() (sire.mol.AtomMapping method) is_string() (sire.base.Properties method) is_supplementary() (sire.io.parser.DCD method) is_symmetric() (sire.maths.Matrix method) is_system() (sire.system.System static method) is_text_file() (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.TRR method) (sire.io.parser.XTC method) is_topology() (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.PDBx method) (sire.io.parser.SDF method) is_triple() (sire.mol.BondOrder method) is_unit() (sire.base.Properties method) is_up() (sire.mol.Stereochemistry method) is_valid() (sire.base.PageCache method) is_water() (in module sire.mol) is_within_chain() (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Residue method) is_within_residue() (sire.mol.Atom method) is_within_segment() (sire.mol.Atom method) is_zero() (sire.cas.Expression method) (sire.maths.Matrix method) (sire.maths.Transform method) isCached() (sire.base.PageCache.Page method) isNull() (sire.base.PageCache.Handle method) (sire.base.PageCache.Page method) isResident() (sire.base.PageCache.Page method) isromatic() (sire.mol.BondOrder method) isValid() (sire.base.PageCache.Handle method) (sire.base.PageCache.Page method)

J

join() (sire.mol.Molecule static method)

K

k() (sire.mm.AmberAngle method) (sire.mm.AmberBond method) (sire.mm.AmberDihPart method) (sire.mm.BondRestraint method) kabasch() (in module sire.maths)

kabasch_fit() (in module sire.maths) keys() (sire.base.Properties method) (sire.maths.EnergyTrajectory method) kphi() (sire.mm.DihedralRestraint method) ktheta() (sire.mm.AngleRestraint method)

L

label_keys() (sire.maths.EnergyTrajectory method) labels() (sire.maths.EnergyTrajectory method) labels_as_numbers() (sire.maths.EnergyTrajectory method) lam (in module sire.cas) lam() (sire.cas.LambdaSchedule static method) lambda_lever() (sire.convert.openmm.OpenMMMetaData method) LambdaLever (class in sire.convert.openmm) LambdaSchedule (class in sire.cas) lanthanide() (sire.mol.Element method) length() (in module sire.units) (sire.mm.Bond method) lengths() (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorMBond method) line0() (sire.maths.Triangle method) line03() (sire.maths.Torsion method) line1() (sire.maths.Triangle method) line12() (sire.maths.Torsion method) line2() (sire.maths.Triangle method) link_to_perturbed() (in module sire.morph) (sire.morph.Perturbation method) link_to_reference() (in module sire.morph) (sire.morph.Perturbation method) LJ1264Parameter (class in sire.mm) LJParameter (class in sire.mm) load() (in module sire) (in module sire.stream)

load_frame() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) load_test_files() (in module sire) lock() (sire.maths.RanGenerator method) locked_rand() (sire.maths.RanGenerator method) locked_rand_norm() (sire.maths.RanGenerator method) locked_vector_on_sphere() (sire.maths.RanGenerator method)

M

make_whole() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) map() (sire.mol.AtomIdx method) (sire.mol.AtomName method) (sire.mol.AtomNum method) (sire.mol.ChainIdx method) (sire.mol.ChainName method) (sire.mol.MolIdx method) (sire.mol.MolName method) (sire.mol.MolNum method) (sire.mol.ResIdx method) (sire.mol.ResName method) (sire.mol.ResNum method) (sire.mol.SegIdx method) (sire.mol.SegName method) mapped_atoms0() (sire.mol.AtomMapping method) mapped_atoms1() (sire.mol.AtomMapping method) mass() (sire.mol.Element method) (sire.system.System method) match() (in module sire.morph) match_atoms() (in module sire) Matrix (class in sire.maths) max_bonds() (sire.mol.Element method) max_coords() (sire.vol.PeriodicBox method) max_page_size() (sire.base.PageCache method) max_resident_pages() (sire.base.PageCache method) maxBytes() (sire.base.PageCache.Page method) maximum_cutoff() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) maybe_different() (sire.vol.CoordGroup method) measure() (in module sire) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) measures() (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) merge() (in module sire.morph) (sire.base.PropertyMap method) (sire.mol.AtomMapping method) metadata() (sire.base.Properties method) (sire.mol.Molecule method) (sire.system.System method) metadata_keys() (sire.base.Properties method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.system.System method) metadata_type() (sire.base.Properties method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method)

min_coords() (sire.vol.PeriodicBox method) Minimisation (class in sire.mol) minimisation() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) minimise() (sire.mol.Dynamics method) minimum_distance() (in module sire) (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) module sire sire.base sire.cas sire.convert sire.convert.openmm sire.io sire.io.parser sire.maths sire.mm sire.mol sire.morph sire.restraints sire.search sire.stream sire.system sire.units sire.utils sire.vol MOL2 (in module sire.io.parser) mol_nums() (sire.mol.SelectorMol method) Molecule (class in sire.mol) molecule() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) molecules() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.system.System method) molid() (in module sire) MolIdx (class in sire.mol) MolName (class in sire.mol) MolNum (class in sire.mol) morph() (sire.cas.LambdaSchedule method) move() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) multiply() (sire.cas.Expression method) mutate() (in module sire.morph) (sire.mol.AtomMapping method)

N

name (sire.mol.Cursor property) name() (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Element method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.utils.Profiler method) names() (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) nBytes() (sire.base.PageCache.Handle method) (sire.base.PageCache.Page method) negate() (sire.cas.Expression method) noble_gas() (sire.mol.Element method) not_stereo() (sire.mol.Stereochemistry method) nrand() (sire.maths.RanGenerator method) nrand_norm() (sire.maths.RanGenerator method) null() (sire.mol.AtomIdx static method) (sire.mol.ChainIdx static method) (sire.mol.MolIdx static method) (sire.mol.ResIdx static method) (sire.mol.SegIdx static method) NullProfiler (class in sire.utils) num_atom_restraints() (sire.mm.BondRestraints method) num_atoms() (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.PDBx method) (sire.io.parser.SDF method) (sire.io.parser.TRR method) (sire.io.parser.XTC method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) num_bytes() (sire.base.PageCache method) num_centroid_restraints() (sire.mm.BondRestraints method) num_chains() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) num_cutgroups() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) num_forces() (sire.cas.LambdaSchedule method) num_frames() (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.PDBx method) (sire.io.parser.SDF method) (sire.io.parser.TRR method) (sire.io.parser.XTC method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method)

num_groups() (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) num_levers() (sire.cas.LambdaSchedule method) num_molecules() (sire.io.parser.SDF method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) num_pages() (sire.base.PageCache method) num_properties() (sire.base.Properties method) num_protons() (sire.mol.Element method) num_residues() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) num_restraints() (sire.mm.AngleRestraints method) (sire.mm.BondRestraints method) (sire.mm.DihedralRestraints method) num_segments() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) num_stages() (sire.cas.LambdaSchedule method) num_views() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) number (sire.mol.Cursor property) number() (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) numbers() (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) nvector_on_sphere() (sire.maths.RanGenerator method)

O

offset() (sire.maths.Matrix method)

openmm_to_sire() (in module sire.convert) OpenMMMetaData (class in sire.convert.openmm)

P

page() (sire.base.PageCache.Handle method) page_size() (sire.base.PageCache method) PageCache (class in sire.base) PageCache.Handle (class in sire.base) PageCache.Page (class in sire.base) panel() (sire.utils.Console static method) parent() (sire.base.PageCache.Handle method) (sire.base.PageCache.Page method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) parse() (sire.io.parser.DCD static method) (sire.io.parser.TRR static method) (sire.io.parser.XTC static method) parse_warnings() (sire.io.parser.SDF method) PDB (in module sire.io.parser) PDBx (class in sire.io.parser) period() (sire.mol.Element method) PeriodicBox (class in sire.vol) periodicity() (sire.mm.AmberDihPart method) perturbable_constraint() (sire.mol.Dynamics method) (sire.mol.Minimisation method) PerturbableOpenMMMolecule (class in sire.convert.openmm) Perturbation (class in sire.morph) perturbation() (sire.mol.Molecule method) phase() (sire.mm.AmberDihPart method) phi() (sire.mm.Improper method) phi0() (sire.mm.DihedralRestraint method) pi (in module sire.maths) picometer (in module sire.units) platform() (sire.mol.Dynamics method) point() (sire.maths.Torsion method) (sire.maths.Triangle method) positional() (in module sire.restraints) potential() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) potentials() (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) pow() (sire.cas.Expression method) prepend_stage() (sire.cas.LambdaSchedule method) print() (sire.utils.Console static method) print_exception() (sire.utils.Console static method) PRM (in module sire.io.parser) Profiler (class in sire.utils) Properties (class in sire.base) properties() (sire.maths.EnergyTrajectory method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Molecule method) (sire.system.System method)

property() (sire.base.Properties method) (sire.maths.EnergyTrajectory method) (sire.mol.Molecule method) (sire.system.System method) property_as_property() (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) property_as_variant() (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) property_keys() (sire.base.Properties method) (sire.maths.EnergyTrajectory method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.system.System method) property_map0() (sire.mol.AtomMapping method) property_map1() (sire.mol.AtomMapping method) property_type() (sire.base.Properties method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) PropertyMap (class in sire.base) PSF (in module sire.io.parser)

R

r0() (sire.mm.AmberBond method) (sire.mm.BondRestraint method) rand() (sire.maths.RanGenerator method) rand53() (sire.maths.RanGenerator method) rand_bool() (sire.maths.RanGenerator method) rand_int() (sire.maths.RanGenerator method) rand_int64() (sire.maths.RanGenerator method) rand_norm() (sire.maths.RanGenerator method) randomise_velocities() (sire.mol.Dynamics method) RanGenerator (class in sire.maths) rare_earth() (sire.mol.Element method) rdkit_to_sire() (in module sire.convert) red() (sire.mol.Element method) redirect_output() (sire.utils.Console static method) reduce() (sire.vol.TriclinicBox method) remove() (sire.system.System method) remove_all_links() (sire.base.Properties method) remove_all_metadata() (sire.base.Properties method) remove_all_shared_properties() (sire.system.System method) remove_equation() (sire.cas.LambdaSchedule method) remove_force() (sire.cas.LambdaSchedule method) remove_forces() (sire.cas.LambdaSchedule method) remove_lever() (sire.cas.LambdaSchedule method) remove_levers() (sire.cas.LambdaSchedule method) remove_link() (sire.base.Properties method) remove_metadata() (sire.base.Properties method) remove_molecule_schedule() (sire.cas.LambdaSchedule method) remove_property() (sire.base.Properties method) (sire.maths.EnergyTrajectory method) remove_shared_property() (sire.system.System method) remove_stage() (sire.cas.LambdaSchedule method) renumber() (sire.mol.Cursor method) repartition_hydrogen_masses() (in module sire.morph) replica_exchange() (in module sire.morph) res_idxs() (sire.mol.Chain method) reset() (sire.base.PageCache.Handle method) reset_biological_elements() (sire.mol.Element method) Residue (class in sire.mol) residue() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method)

residues() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.system.System method) ResIdx (class in sire.mol) ResName (class in sire.mol) ResNum (class in sire.mol) resolve_path() (in module sire.io) restraints() (sire.mm.AngleRestraints method) (sire.mm.BondRestraints method) (sire.mm.DihedralRestraints method) reverse() (sire.maths.Transform method) rhombic_dodecahedron_hexagon() (sire.vol.TriclinicBox method) rhombic_dodecahedron_square() (sire.vol.TriclinicBox method) rmin() (sire.mm.LJParameter method) rmsd() (sire.mol.TrajectoryIterator method) root() (sire.cas.Expression method) root_directory() (sire.base.PageCache method) rotate() (in module sire.maths) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.vol.TriclinicBox method) rotation_center() (sire.maths.Transform method) rotation_matrix() (sire.maths.Transform method) (sire.vol.TriclinicBox method) rotation_quaternion() (sire.maths.Transform method) row0() (sire.maths.Matrix method) row1() (sire.maths.Matrix method) row2() (sire.maths.Matrix method) RST (in module sire.io.parser) RST7 (in module sire.io.parser) rule() (sire.utils.Console static method) run() (sire.mol.Dynamics method) (sire.mol.Minimisation method)

S

save() (in module sire) (in module sire.stream) (sire.utils.Console static method) save_frame() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) save_to_string() (in module sire) SDF (class in sire.io.parser) search() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.SelectorMol method) seed() (sire.maths.RanGenerator method) seed_global() (sire.maths.RanGenerator method) segid() (in module sire) SegIdx (class in sire.mol) Segment (class in sire.mol) segment() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) segments() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.system.System method) SegName (class in sire.mol) select_all() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) select_all_atoms() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) select_all_chains() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) select_all_cutgroups() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) select_all_residues() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) select_all_segments() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) selected_all() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) selection() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) selection_to_atoms() (in module sire.mol) selector() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) SelectorAngle (class in sire.mm) SelectorBond (class in sire.mm) SelectorDihedral (class in sire.mm) SelectorImproper (class in sire.mm) SelectorMAngle (class in sire.mm) SelectorMBond (class in sire.mm) SelectorMDihedral (class in sire.mm) SelectorMImproper (class in sire.mm) SelectorMol (class in sire.mol) series() (sire.cas.Expression method) set() (sire.maths.EnergyTrajectory method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) set_approx_epsilon() (in module sire.search) set_constant() (sire.cas.LambdaSchedule method) set_constraint_indicies() (sire.convert.openmm.LambdaLever method) (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method)

set_debugging_enabled() (sire.utils.Console static method) set_default_equation() (sire.cas.LambdaSchedule method) set_default_num_threads() (in module sire) set_default_stage_equation() (sire.cas.LambdaSchedule method) set_default_unit() (in module sire.units) set_default_units() (in module sire.units) set_dimensions() (sire.vol.PeriodicBox method) set_element_is_biological() (sire.mol.Element method) set_element_is_not_biological() (sire.mol.Element method) set_energy_trajectory() (sire.system.System method) set_energy_unit() (in module sire.units) set_ensemble() (sire.mol.Dynamics method) (sire.system.System method) set_equation() (sire.cas.LambdaSchedule method) set_exception_indicies() (sire.convert.openmm.LambdaLever method) (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) set_force_index() (sire.convert.openmm.LambdaLever method) set_header_property() (in module sire.stream) set_internal_units() (in module sire.units) set_lambda() (sire.convert.openmm.LambdaLever method) (sire.convert.openmm.SOMMContext method) (sire.mol.Dynamics method) (sire.morph.Perturbation method) set_lambda_schedule() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) set_length_unit() (in module sire.units) set_mass_unit() (in module sire.units) set_max_num_threads() (in module sire) set_max_page_size() (sire.base.PageCache method) set_max_resident_pages() (sire.base.PageCache method) set_metadata() (sire.base.Properties method) (sire.system.System method) set_min_protein_residues() (in module sire.search) set_molecule_schedule() (sire.cas.LambdaSchedule method) set_name() (sire.mm.AngleRestraints method) (sire.mm.BondRestraints method) (sire.mm.DihedralRestraints method) (sire.mol.Cursor method) set_number() (sire.mol.Cursor method) set_platform_property() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) set_pressure() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) (sire.mol.Dynamics method) set_property() (sire.maths.EnergyTrajectory method) (sire.system.System method) set_protein_residue_names() (in module sire.search) set_quantity_unit() (in module sire.units) set_rest2_scale() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) (sire.mol.Dynamics method) set_root_directory() (sire.base.PageCache method) set_schedule() (sire.convert.openmm.LambdaLever method) (sire.mol.Dynamics method) set_shared_property() (sire.system.System method) set_si_units() (in module sire.units) set_space() (sire.system.System method) set_state() (sire.maths.RanGenerator method) set_temperature() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) (sire.mol.Dynamics method) set_theme() (sire.utils.Console static method) set_time() (sire.system.System method) set_time_unit() (in module sire.units) set_to_identity() (sire.maths.Matrix method) set_token() (in module sire.search) set_use_parallel() (sire.io.parser.DCD method) set_volume() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method) shared_properties() (sire.system.System method) shrink_ghost_atoms() (in module sire.morph) sigma() (sire.mm.LJParameter method) simplify() (sire.cas.Expression method) single_bond() (sire.mol.BondOrder method) single_value_decomposition() (sire.maths.Matrix method) sire module sire.base module sire.cas module sire.convert module sire.convert.openmm module sire.io module sire.io.parser module sire.maths module sire.mm module sire.mol module sire.morph module sire.restraints module sire.search module sire.stream module sire.system module sire.units module sire.utils module sire.vol module sire_to_biosimspace() (in module sire.convert) sire_to_gemmi() (in module sire.convert) sire_to_openmm() (in module sire.convert) sire_to_rdkit() (in module sire.convert) size() (sire.base.PageCache method) (sire.base.PageCache.Handle method) (sire.base.PageCache.Page method) (sire.base.Properties method) (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.TRR method) (sire.io.parser.XTC method) (sire.maths.EnergyTrajectory method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.AngleRestraints method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.BondRestraints method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.DihedralRestraints method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMapping method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) sizes() (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) smarts() (in module sire) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) smiles() (in module sire) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) smooth() (sire.mol.TrajectoryIterator method) SOMMContext (class in sire.convert.openmm) space() (sire.system.System method) specified() (sire.base.PropertyMap method) Sphere (class in sire.maths) sqrt() (in module sire) sqrt_epsilon() (sire.mm.LJParameter method) sqrt_sigma() (sire.mm.LJParameter method) squared() (sire.cas.Expression method) standard_annihilate() (sire.cas.LambdaSchedule static method) standard_decouple() (sire.cas.LambdaSchedule static method) standard_morph() (sire.cas.LambdaSchedule static method) start() (sire.utils.Profiler method) step() (sire.mol.Dynamics method) step_speed() (sire.mol.Dynamics method) Stereochemistry (class in sire.mol) stop() (sire.utils.Profiler method) store() (sire.base.PageCache method) substitute() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) subtract() (sire.cas.Expression method) supported_formats() (in module sire) (in module sire.convert) (sire.io.parser.DCD method) supports_emojis() (sire.utils.Console static method) svd() (sire.maths.Matrix method) swap() (sire.mol.AtomMapping method) Symbol (class in sire.cas) symbol() (sire.mol.Element method) symbols() (sire.cas.Expression method) (sire.cas.Symbol method) System (class in sire.system)

T

Table (class in sire.utils) take_molecule_schedule() (sire.cas.LambdaSchedule method) terms() (sire.mm.AmberDihedral method) theta() (sire.mm.Improper method) theta0() (sire.mm.AmberAngle method) (sire.mm.AngleRestraint method) time() (sire.system.System method) time_speed() (sire.mol.Dynamics method) times() (sire.maths.EnergyTrajectory method) timestep() (sire.mol.Dynamics method) to() (in module sire.convert) to_alchemlyb() (in module sire.morph) (sire.maths.EnergyTrajectory method) to_biosimspace() (in module sire.convert) to_dict() (sire.base.PropertyMap method) to_expression() (sire.mm.AmberAngle method) (sire.mm.AmberBond method) (sire.mm.AmberDihedral method) to_lines() (sire.io.parser.PDBx method) to_list() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) to_lj_pair() (sire.mm.LJ1264Parameter method) to_lj_parameter() (sire.mm.LJ1264Parameter method) to_molecule_group() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) to_molecules() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.SelectorMol method) to_open_m_m_string() (sire.cas.Expression method) to_openmm() (in module sire.convert) (sire.morph.Perturbation method) to_pandas() (sire.maths.EnergyTrajectory method) to_rdkit() (in module sire.convert) (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Stereochemistry method) to_s_d_f() (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Stereochemistry method) to_select_result() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.SelectorMol method) to_selector() (sire.mm.Angle method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.Segment method) to_sire() (in module sire.convert) to_string() (sire.base.PageCache method) (sire.base.Properties method) (sire.base.PropertyMap method) (sire.cas.Expression method) (sire.cas.LambdaSchedule method) (sire.cas.Symbol method) (sire.convert.openmm.OpenMMMetaData method) (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.PDBx method) (sire.io.parser.SDF method) (sire.io.parser.TRR method) (sire.io.parser.XTC method) (sire.maths.EnergyTrajectory method) (sire.maths.Matrix method) (sire.maths.Torsion method) (sire.maths.Transform method) (sire.maths.Triangle method) (sire.mm.AmberAngle method) (sire.mm.AmberBond method) (sire.mm.AmberDihedral method) (sire.mm.AmberDihPart method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.AngleRestraint method) (sire.mm.AngleRestraints method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.BondRestraint method) (sire.mm.BondRestraints method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.DihedralRestraint method) (sire.mm.DihedralRestraints method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.LJ1264Parameter method) (sire.mm.LJParameter method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomIdx method) (sire.mol.AtomMapping method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.AtomName method) (sire.mol.AtomNum method) (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.ChainIdx method) (sire.mol.ChainName method) (sire.mol.Element method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.MolIdx method) (sire.mol.MolName method) (sire.mol.MolNum method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.ResIdx method) (sire.mol.ResName method) (sire.mol.ResNum method) (sire.mol.SegIdx method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SegName method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.mol.Stereochemistry method) (sire.utils.Table method) (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.CoordGroup method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method)

to_system() (sire.io.parser.DCD method) to_unit() (sire.mol.AtomMatch method) to_vector() (sire.vol.CoordGroup method) to_xml() (sire.convert.openmm.SOMMContext method) (sire.mol.Dynamics method) Torsion (class in sire.maths) torsions() (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) toString() (sire.base.PageCache.Handle method) (sire.base.PageCache.Page method) total() (sire.utils.Profiler method) trace() (sire.maths.Matrix method) TRAJ (in module sire.io.parser) trajectory() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method) TrajectoryIterator (class in sire.mol) Transform (class in sire.maths) transform() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) transition_metal() (sire.mol.Element method) translate() (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) translation_delta() (sire.maths.Transform method) transpose() (sire.maths.Matrix method) Triangle (class in sire.maths) triangle1() (sire.maths.Torsion method) triangle2() (sire.maths.Torsion method) TriclinicBox (class in sire.vol) triple_bond() (sire.mol.BondOrder method) TRR (class in sire.io.parser) truncated_octahedron() (sire.vol.TriclinicBox method) try_import() (in module sire.utils) try_import_from() (in module sire.utils) tutorial_url (in module sire) type() (sire.mol.Cursor method) typename() (sire.base.PageCache method) typeName() (sire.base.PageCache.Handle static method) (sire.base.PageCache.Page static method) typename() (sire.base.Properties method) (sire.base.PropertyMap method) (sire.cas.Expression method) (sire.cas.LambdaSchedule method) (sire.cas.Symbol method) (sire.convert.openmm.LambdaLever method) (sire.convert.openmm.OpenMMMetaData method) (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.PDBx method) (sire.io.parser.SDF method) (sire.io.parser.TRR method) (sire.io.parser.XTC method) (sire.maths.EnergyTrajectory method) (sire.maths.Matrix method) (sire.maths.RanGenerator method) (sire.maths.Torsion method) (sire.maths.Transform method) (sire.maths.Triangle method) (sire.mm.AmberAngle method) (sire.mm.AmberBond method) (sire.mm.AmberDihedral method) (sire.mm.AmberDihPart method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.AngleRestraint method) (sire.mm.AngleRestraints method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.BondRestraint method) (sire.mm.BondRestraints method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.DihedralRestraint method) (sire.mm.DihedralRestraints method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.LJ1264Parameter method) (sire.mm.LJParameter method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Atom method) (sire.mol.AtomIdx method) (sire.mol.AtomMapping method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.AtomName method) (sire.mol.AtomNum method) (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.ChainIdx method) (sire.mol.ChainName method) (sire.mol.Element method) (sire.mol.Molecule method) (sire.mol.MolIdx method) (sire.mol.MolName method) (sire.mol.MolNum method) (sire.mol.Residue method) (sire.mol.ResIdx method) (sire.mol.ResName method) (sire.mol.ResNum method) (sire.mol.SegIdx method) (sire.mol.Segment method) (sire.mol.SegName method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.mol.Stereochemistry method) (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.CoordGroup method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method)

U

u() (in module sire) undefined() (sire.mol.Stereochemistry static method) undefined_bond() (sire.mol.BondOrder method) unit() (sire.mm.LJ1264Parameter method) unlock() (sire.maths.RanGenerator method) unmapped_atoms0() (sire.mol.AtomMapping method) unmapped_atoms1() (sire.mol.AtomMapping method) unset() (sire.base.PropertyMap method) up() (sire.mol.Stereochemistry static method) update() (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.Chain method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.system.System method)

update_property() (sire.base.Properties method) use_mixed_api() (in module sire) use_new_api() (in module sire) use_old_api() (in module sire) uses_parallel() (sire.io.parser.DCD method)

V

v() (in module sire) value() (sire.mol.BondOrder method) (sire.mol.Stereochemistry method) value_as_double() (sire.mol.BondOrder method) vdw_radius() (sire.mol.Element method) Vector (class in sire.maths) vector() (sire.maths.Triangle method) vector0() (sire.maths.Triangle method) (sire.vol.TriclinicBox method) vector03() (sire.maths.Torsion method) vector1() (sire.maths.Triangle method) (sire.vol.TriclinicBox method) vector12() (sire.maths.Torsion method) vector2() (sire.maths.Triangle method) (sire.vol.TriclinicBox method) vector_on_sphere() (sire.maths.RanGenerator method) velocities() (sire.convert.openmm.OpenMMMetaData method) version() (sire.mol.Molecule method) view() (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mm.SelectorMAngle method) (sire.mm.SelectorMBond method) (sire.mm.SelectorMDihedral method) (sire.mm.SelectorMImproper method) (sire.mol.Cursor method) (sire.mol.Cursors method) (sire.mol.CursorsM method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.morph.Perturbation method) (sire.system.System method)

view2d() (sire.system.System method) view_perturbed() (sire.morph.Perturbation method) view_reference() (sire.morph.Perturbation method) volume() (sire.vol.Cartesian method) (sire.vol.PeriodicBox method) (sire.vol.TriclinicBox method)

W

walltime() (sire.mol.Dynamics method) warning() (sire.utils.Console static method) what() (sire.base.PageCache method) (sire.base.PageCache.Handle method) (sire.base.PageCache.Page method) (sire.base.PropertyMap method) (sire.cas.Expression method) (sire.cas.LambdaSchedule method) (sire.cas.Symbol method) (sire.convert.openmm.LambdaLever method) (sire.convert.openmm.OpenMMMetaData method) (sire.convert.openmm.PerturbableOpenMMMolecule method) (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.PDBx method) (sire.io.parser.SDF method) (sire.io.parser.TRR method) (sire.io.parser.XTC method) (sire.maths.EnergyTrajectory method) (sire.maths.Matrix method) (sire.maths.RanGenerator method) (sire.maths.Torsion method) (sire.maths.Transform method) (sire.maths.Triangle method) (sire.mm.AmberAngle method) (sire.mm.AmberBond method) (sire.mm.AmberDihedral method) (sire.mm.AmberDihPart method) (sire.mm.Angle method) (sire.mm.AngleRestraint method) (sire.mm.AngleRestraints method) (sire.mm.Bond method) (sire.mm.BondRestraint method) (sire.mm.BondRestraints method) (sire.mm.Dihedral method) (sire.mm.DihedralRestraint method) (sire.mm.DihedralRestraints method) (sire.mm.Improper method) (sire.mm.LJ1264Parameter method) (sire.mm.LJParameter method) (sire.mm.SelectorAngle method) (sire.mm.SelectorBond method) (sire.mm.SelectorDihedral method) (sire.mm.SelectorImproper method) (sire.mol.AtomIdx method) (sire.mol.AtomMapping method) (sire.mol.AtomMatch method) (sire.mol.AtomMatchM method) (sire.mol.AtomName method) (sire.mol.AtomNum method) (sire.mol.ChainIdx method) (sire.mol.ChainName method) (sire.mol.Element method) (sire.mol.MolIdx method) (sire.mol.MolName method) (sire.mol.MolNum method) (sire.mol.ResIdx method) (sire.mol.ResName method) (sire.mol.ResNum method) (sire.mol.SegIdx method) (sire.mol.SegName method) (sire.mol.SelectorMol method) (sire.vol.CoordGroup method)

wrap() (in module sire.base) (sire.mol.TrajectoryIterator method) write_to_file() (sire.io.parser.DCD method) (sire.io.parser.TRR method) (sire.io.parser.XTC method)

X

x (in module sire.cas) XTC (class in sire.io.parser)

xx() (sire.maths.Matrix method) xy() (sire.maths.Matrix method) xz() (sire.maths.Matrix method)

Y

y (in module sire.cas) yx() (sire.maths.Matrix method)

yy() (sire.maths.Matrix method) yz() (sire.maths.Matrix method)

Z

zero() (sire.maths.Matrix static method) zero_ghost_angles() (in module sire.morph) (sire.morph.Perturbation method) zero_ghost_bonds() (in module sire.morph) (sire.morph.Perturbation method) zero_ghost_torsions() (in module sire.morph) (sire.morph.Perturbation method)

zero_lj() (sire.mm.LJ1264Parameter method) (sire.mm.LJParameter method) zx() (sire.maths.Matrix method) zy() (sire.maths.Matrix method) zz() (sire.maths.Matrix method)